Die Hauptversammlung ist das oberste Organ des Alpenvereins. Stimmrecht haben ausschließlich die Sektionen und die Ehrenmitglieder. Die Hauptversammlung findet alljährlich statt. Der Bundesausschuss bereitet die Tagesordnung vor, der Präsident beruft sie ein und leitet sie. Antragsberechtigt sind die Sektionen und der Bundesausschuss. Sektionen können jeweils bis zum 31. März des Jahres beim Präsidium einen Antrag mit schriftlicher Begründung einreichen. Diese Anträge sind auf die Tagesordnung zu setzen.

Der Bundesausschuss setzt sich aus den Mitgliedern des Präsidiums und maximal 20 weiteren Delegierten zusammen. 15 Delegierte werden von den Landesverbänden nach einem von der Hauptversammlung festgelegten Schlüssel, der sich nach der Mitgliederanzahl richtet, nominiert und von der Hauptversammlung gewählt. Die restlichen Delegierten stellen das Bundesteam der Alpenvereinsjugend, der Landesverband Wien für den obersten Vertreter im Verband der alpinen Vereine Österreichs, die Sektion Österreichischer Gebirgsverein und die Auslandssektionen.

Der Bundesausschuss ist zuständig für die Festlegung der Tagesordnung der Hauptversammlung inklusive der Vorlage des Jahresabschlusses des Vorjahres sowie des Budgetvoranschlages für das Folgejahr. Dem Bundesausschuss sind alle vereinspolitischen Agenden und Fragen von grundsätzlicher Bedeutung zugeordnet. Er ist insbesondere auch zuständig für die Wahrung des Interessensausgleiches zwischen den großen, mittleren und kleinen Sektionen sowie den Sektionen und dem Hauptverein.

Das Präsidium ist das Leitungsorgan des Vereins und für die Geschäftsführung verantwortlich. Es besteht aus dem Präsidenten und vier bis sechs weiteren VizepräsidentInnen. Diese werden vom Bundeausschuss nominiert und von der Hauptversammlung gewählt. Die Präsidiumsmitglieder übernehmen die Bearbeitung und Betreuung jener Themen, die von der Satzung des Alpenvereins vorgegeben und von den hauptamtlich besetzten Abteilungen vorbereitet und umgesetzt werden. Das Präsidium entscheidet über alle Vereinsangelegenheiten, die nicht anderen Gremien wie der Hauptversammlung oder dem Bundesauschuss vorbehalten sind und insbesondere über die laufenden Vereinsgeschäfte. Das Präsidium handelt als Kollektivorgan und richtet sich bei seinen Entscheidungen nach den Gesamtinteressen des Vereins.

Die Sektionen jedes Bundeslandes (mit Ausnahme des Burgenlandes) bilden jeweils einen Landesverband als Arbeitsgemeinschaft. Die Landesverbände unterstützen die Tätigkeit des Gesamtvereins und der Sektionen in ihrem Bundesland und ergänzen sie. Sie treten insbesondere gegenüber den Behörden und Institutionen auf und nehmen die Öffentlichkeitsarbeit in ihrem Bundesland wahr. Eine weitere wichtige Funktion der Landesverbände ist es, den Informationsfluss zwischen dem Gesamtverein und den Sektionen in beide Richtungen aktiv zu gestalten. Sektionen, die ihren Sitz nicht in dem jeweiligen Bundesland haben, dort aber Arbeitsgebiete und/oder Hütten betreuen, sollten jedenfalls dem dortigen Landesverband mit angehören. Den Landesverbänden steht es frei, sich als Verein mit eigener Rechtsperson zu konstituieren. Der Landesverband ist kein Organ des Gesamtvereins.

Die Struktur des Gesamtvereins sieht über die Organe hinaus diverse beratende Fachgremien vor, die für die nötige Expertise für eine Entscheidungsgrundlage sorgen. Die Bundesausschüsse Bergsteigen, Jugend und Naturschutz ermöglichen die erwähnte Fachlichkeit und partizipative Einbindung der Vertreter der Bundesländer. Deren Arbeitsweise und Besetzung ist unter den oben angeführten Links dargestellt.

Der Hütten- und Wegeausschuss stellt ein direktes Beratungsorgan des Bundesausschusses dar. Er wird geleitet vom zuständigen Vizepräsidenten und setzt sich aus den acht Landesreferenten für Hütten und Wege zusammen. Der Hütten- und Wegeausschuss gewährleistet eine praxisnahe sowie besitzer- und besucherorientierte Gestaltung der Hüttenpolitik des Alpenvereins.

Über die erwähnten bundesweit angelegten Ausschüsse hinaus haben sich aus der gemeinsamen Geschichte und fortgesetzten engen Zusammenarbeit mit den befreundeten Alpenvereinen in Deutschland und Südtirol noch weitere beratende bzw. informelle Treffen und Gremien etabliert. Dies sind der gemeinsame Kartographieausschuss von ÖAV und DAV und der Jahrbuchredaktionsbeirat sowie der gemeinsame Hütten- und Wegeausschuss von AVS, DAV und ÖAV.

Ebenfalls vorgesehen für aktuell auftauchende, wichtige vereinspolitische Fragen ist der vereinspolitische Ausschuss, der bei Bedarf einberufen wird. Er besteht aus dem Präsidenten und seinem Stellvertreter, einem weiteren Mitglied des Präsidiums sowie zwei Mitgliedern des Bundesausschusses.